1981年南京被國家列為全國15個經濟中心城市之一；2004年經濟中心定位指數排名南京列中國大陸第六，僅次于京滬廣深津。[7] 2013年實現地區生產總值8011.78億元，列全國第十二位[66] ，增長11%；公共財政預算收入831.3億元，增長13.4%；全社會固定資產投資5250億元，增長12%；社會消費品零售總額3500億元，增長13.5%；城市居民人均可支配收入40000元，增長10%；農民人均純收入16500元，增長12%。

2013年南京產業結構為，第一產業占據2.3%，第二產業占據43.3%，第三產業占據54.4%，第三產業比重位列國內第五，前四為北上廣深。[68] 2014年中國區域中心城市競爭力評估，南京僅次于深圳廣州。

第一產業
南京是中國重要的農業和商品糧基地之一，主要經濟作手有油菜、棉花、蠶繭、麻類、茶葉、竹木、水果、藥材等。由于長江兩岸水網交織，湖泊密布，水域廣闊，水質肥沃，因此也是中國重要的淡水漁業基地之一。[25]

2013年農林牧漁及農林牧漁服務業總產值351.31億元，比上年增長10.3%。其中，農業產值完成205.23億元，增長11.9%；林業產值完成3.66億元，增長8.1%；牧業產值完成52.04億元，增長1.7%；漁業產值完成73.79億元，增長12.7%；農林牧漁服務業產值完成16.59億元，增長10.1%

第二產業
南京是中國近代工業的搖籃，1865年金陵制造局的誕生標志著南京近代工業的開端。英商和記洋行、津浦鐵路南段機廠（南京浦鎮車輛廠的前身）、永利化學工業公司亞廠（南京化學工業公司前身）、中國水泥股份有限公司等一批知名企業的成立，形成了南京近代工業的雛形。
南京是國家重要綜合性工業生產基地、現代服務中心和先進制造業基地，電子化工生產能力居全國第二位，車輛制造規模居第三位[71] ，被國家九個部委列為中國投資硬環境“四十優”城市，中國城市綜合實力“五十強”第五名。
南京本地的知名企業有熊貓電子、揚子石化、金陵石化、躍進汽車、江南光電、蘇寧環球、雨潤、太平洋建設、蘇寧電器、五星電器、宏圖三胞等。

2013年規模以上工業企業實現工業總產值12647.14億元，比上年增長11.8%。

第三產業
南京是國家發改委定位的“全國重要區域金融商務中心” ，金融業是南京經濟發展的重要支柱產業，金融總量及金融資源占江蘇省的四分之一 ，金融中心指數居全國第六[76] ，總部經濟排名全國第七。
會展業是南京重要的產業，南京會展經濟在中國各大城市中僅次于北京、上海、廣州和深圳。 2013年共舉辦大中型展覽和會議2510個，大型特大型展覽35個，全年拉動經濟450億元。
軟件產業是南京著力培育的第一大主導產業和支柱產業，2013年軟件和信息服務業收入2620億元，其中軟件業務收入2309億元，列北京、深圳、上海之后，居中國第四、江蘇第一，規模占全國的7.5%、占江蘇的44.6%。
文化產業也是南京國民經濟支柱性產業，2013年文化產業實現增加值440億元，占GDP比重達5.4%。[83] 主城區服務業占GDP比重平均達到82%，鼓樓、玄武、秦淮三區服務業占比超過90%。